WIn32API SwapMouseButton

左右のマウスボタンを交換するには、SwapMouseButton関数を用いる

BOOL SwapMouseButton(
  BOOL fSwap   // ボタンの交換または復元
);

fSwapにTRUEを指定すると、左右のマウスボタンが入れ替わる。FALSEを指定すると元に戻る。

サンプルプログラム

#include <windows.h>

int main()
{
    //左右のマウスボタンを交換
    SwapMouseButton(TRUE);

    //10秒間は、マウスボタンの左右が入れ替わった状態になる
    Sleep(10*1000);
    
    //元に戻す
    SwapMouseButton(FALSE);

    return 0;
}

参考
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/cc411214.aspx